1958年，中國科學(xué)院新疆分院生物研究室、土壤研究室、地理研究室成立。
1961年，在上述三室和中國科學(xué)院新疆綜合考察隊等三支考察隊的基礎上，成立了中國科學(xué)院新疆水土生物資源綜合研究所，結束了新疆無(wú)資源、環(huán)境類(lèi)科研機構的歷史。
1965年，新疆綜合所分建為新疆生物土壤研究所（1974年更名為新疆生物土壤沙漠研究所）和新疆地質(zhì)地理研究所（1970年改制為新疆地震大隊，1978年恢復新疆地理研究所）。
1998年7月7日，根據中國科學(xué)院黨組關(guān)于結構性調整的戰略部署和建設國家創(chuàng )新體系的戰略決策，新疆生物土壤沙漠研究所和新疆地理研究所實(shí)現聯(lián)合重組，成立中國科學(xué)院新疆生態(tài)與地理研究所。新疆生地所走上了創(chuàng )新跨越的新歷程。
1999年1月，新疆生地所進(jìn)入中國科學(xué)院第二批基地型研究所試點(diǎn)單位。
2001年7月2日，新疆生地所正式納入中國科學(xué)院知識創(chuàng )新工程二期試點(diǎn)單位。
2005年6月，新疆生地所完成二期創(chuàng )新評估，全面完成二期創(chuàng )新考核目標。
2006年6月，院評估研究中心充分肯定新疆生地所二期創(chuàng )新工作，指出“學(xué)科特色與區域優(yōu)勢明顯，科技競爭力明顯增強，發(fā)展態(tài)勢強勁”。同時(shí)，肯定新疆生地所“創(chuàng )新三期方案合理，目標明確，擬采取的措施切實(shí)可行?！毖芯克竭M(jìn)入三期創(chuàng )新。
2008年，新疆生地所對創(chuàng )新三期前期工作進(jìn)行了全面自評估，結果表明，中國科學(xué)院對新疆生地所三期創(chuàng )新的3項建議已初步實(shí)現。
2010年，新疆生地所制定并實(shí)施“十二五”發(fā)展規劃。
2011年，新疆生地制定并實(shí)施“十二五”時(shí)期的“一三五”發(fā)展規劃。
2014年，院率先行動(dòng)計劃和研究所分類(lèi)改革的啟動(dòng)實(shí)施，新疆生地所填報了《特色研究所認定申請書(shū)》并參加了“生態(tài)文明”領(lǐng)域的認定評議匯報。
2015年7月，新疆生地所簽署了特色研究所《改革發(fā)展任務(wù)書(shū)》，正式進(jìn)入特色研究所試點(diǎn)建設。
2016年，新疆生地制定并實(shí)施“十三五”時(shí)期的“一三五”發(fā)展規劃。
2018年7月，新疆生地所順利通過(guò)中科院特色所驗收，成為全院14個(gè)特色研究所之一。
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